scientific-paper-figure

Use when creating publication-grade scientific figure images or prompts, including graphical abstracts, mechanism diagrams, anatomy diagrams, surgical step figures, experimental workflows, pathology m

SKILL.md

GitHub

Scientific Paper Figure

用于生成论文插图、Graphical Abstract、作用机制图、实验流程图、解剖结构图、手术步骤图、病理机制图、工作原理图、技术路线图。

核心原则:科学结构和因果路径优先。论文插图的目标是准确表达机制、结构和过程,不是单纯做漂亮科技图。

默认行为

  • 如果用户要“生成图”“做论文插图”“画机制图”“做 graphical abstract”,直接调用可用的 ChatGPT 生图工具生成最终图像。
  • 如果用户明确要求使用 Atlas Cloud,或 ChatGPT 生图工具不可用但已配置 ATLASCLOUD_API_KEY,可改用本 Skill 附带的 Atlas Cloud 脚本。Atlas Cloud 是可选 provider,不改变默认的 ChatGPT 生图流程。
  • 只有用户明确说“只要提示词 / prompt / 不要生成图”时,才只输出提示词。
  • 如果生图工具不可用,输出完整可复制提示词,并说明当前无法直接渲染。
  • 不使用真实期刊 logo、真实品牌、真实机构标识。

可选 Atlas Cloud Provider

脚本会先从实时模型目录确认模型可用,再提交一次生图任务;生成 POST 不会自动重试,状态查询 GET 仅做有界重试。完成后会把 Atlas Cloud 返回的图片下载到指定语义化文件名。

export ATLASCLOUD_API_KEY="your-api-key"
python3 skills/scientific-paper-figure/scripts/generate_atlas.py \
  --prompt "完整的科研机制图提示词" \
  --aspect-ratio 16:9 \
  --output "肿瘤免疫逃逸机制.png"
  • 默认模型:google/nano-banana-2-lite/text-to-image-developer。
  • 可用 --model 选择实时 Atlas Cloud 目录中其他已启用的图像模型。
  • 不在命令、日志或仓库文件中写入 API key;只从 ATLASCLOUD_API_KEY 读取。
  • 若生成提交失败,不自动重发请求。修正配置或提示词后,由用户明确重新执行。

输出文件命名规则

  • 生成图像后,最终交付文件名必须使用可读的语义化标题,不要沿用平台默认的 ig_...png、哈希名或随机名。
  • 优先使用图片中能够代表整张图的主标题作为文件名;如果没有清晰主标题,使用用户请求中的主题 / 标题;如果仍不足以代表整张图,则总结一个最短且准确的标题。
  • 文件名语言必须与图片中文字语言或用户要求的生成语言一致;中英混排图片可以保留有意义的双语标题,例如 人体内源性与外源性凝血途径(Coagulation Cascade).png。
  • 清理文件系统不安全字符,合并多余空格,保留 .png 扩展名;如果目标文件名已存在,只添加数字后缀,例如 Immune Evasion-2.png。
  • 如果用户只要提示词、不生成图像,可以在交付内容中附上建议文件名,例如 Suggested filename: Immune Evasion.png。

输入槽位

尽量从用户请求中提取;缺失时合理推断。涉及医学、解剖、手术、病理机制时,如果关键信息不足且容易造成明显错误,先提出 1-2 个必要问题。

  • 图像类型:Graphical Abstract、作用机制图、工作原理图、论文主图、实验流程图、技术路线图、解剖结构图、手术步骤图、病理机制图
  • 研究主题
  • 研究领域:生物医学、材料、纳米、化学、能源、神经科学、免疫、肿瘤、外科、解剖等
  • 研究对象:细胞、组织、器官、解剖结构、分子、材料、器件、芯片、病原体等
  • 核心机制 / 核心内容:一句话
  • 输入端,可空
  • 过程机制,可空
  • 输出结果,可空
  • 关键视觉元素:3-10 个
  • 结构形式:自动判断、左中右流程、上中下流程、A→B→C→D、主体+局部放大窗、微观-中观-宏观、解剖剖面、多面板图组
  • 语言:中文、英文、中英混排、不要文字
  • 画幅比例:1:1、4:5、3:4、16:9、5:2、3:2
  • 文字需求:少量标签、完整标注、不要文字
  • 配色方案
  • 禁用元素

科学叙事结构

根据主题自动选择:

  • 输入 → 过程 → 输出:Graphical Abstract、工作原理图。
  • A → B → C → D:作用机制图、实验流程图、手术步骤图。
  • 主体 + 局部放大窗:论文主图、结构解释图、细胞机制图、解剖细节图。
  • 微观 → 中观 → 宏观:材料、生物医学、组织工程、纳米医学。
  • 左侧问题 / 中间方法 / 右侧结果:论文图形摘要、技术路线图。
  • 解剖剖面 / 结构分层:器官结构图、病理机制图、手术说明图。

画面必须有明确方向。箭头、流线、编号、标签必须服务逻辑,不可乱用。

论文插图要求

  • 图形清晰:关键结构可辨认,不要抽象到看不懂。
  • 标签准确:短、清楚、功能化,避免大段文字。
  • 机制明确:递送、结合、催化、释放、激活、抑制、修复、检测、传输、切除、缝合、吻合、植入等过程要用路径表现。
  • 局部放大:微观机制、解剖细节或关键操作点应使用局部放大窗。
  • 科学可信:不要为了好看牺牲基本科学逻辑;解剖结构、器官位置、组织层级、手术步骤和机制路径要尽量合理。

配色系统

  • Nature 系克制机制:冷灰、雾蓝、象牙白;淡粉、浅绿、淡紫灰;少量珊瑚红、深蓝、金黄。
  • Science 系理性机制:中性蓝、青灰、蓝灰;浅紫、浅青、豆沙粉;少量砖红、芥黄、深青。
  • Cell 系生命科学高对比:深蓝紫、靛蓝、紫红、青蓝、粉橘、冷白;少量荧光强调色。
  • 医学图谱浅色:浅肉粉、器官红、象牙白、浅蓝、浅灰、浅紫。
  • 外科解剖:肉粉、组织红、脂肪黄、象牙白;深红标注血管,深蓝标注神经,橙色标注手术步骤。

文字与标签规则

  • Graphical Abstract 可使用短标题和阶段标签。
  • 机制图必须有关键步骤标签。
  • 解剖图必须保证结构标签清楚但不拥挤。
  • 手术步骤图可使用编号、箭头和短句说明。
  • 不写大段解释性文字。
  • 如果用户选择“不要文字”,尽量通过视觉结构表达机制。

生成提示词结构

调用生图工具时,把提示词组织为:

  1. 角色:顶级论文插图设计师、Graphical Abstract 设计师、科研机制图专家、解剖图谱设计师。
  2. 任务:围绕主题生成“论文级科学准确性 + 机制可视化 + 清晰因果路径”的科研论文插图。
  3. 输入槽位:图像类型、主题、领域、对象、核心机制、输入端、过程、输出、关键元素、语言、比例、文字需求、禁用元素。
  4. 结构逻辑:选择科学叙事结构。
  5. 视觉要求:机制路径清楚、结构可辨、局部放大、标签准确、箭头有方向。
  6. 禁止项:漂亮但无机制、箭头乱飞、结构不清、过度发光、游戏 CG 感、商业广告感、标签不可读、科学结构明显错误。
  7. 最终标准:像论文高质量主图、机制图、解剖图或图形摘要。

质量门槛

生成前自检:

  • 研究对象或解剖结构是什么?
  • 输入端或起始条件是什么?
  • 中间发生了什么机制、过程、变化或操作步骤?
  • 最终输出什么结果?
  • 关键机制发生在哪个位置、结构、细胞、材料或系统中?
  • 箭头和标签是否服务逻辑?
  • 是否避免为了好看牺牲科学可信度?

如果不满足,先修正提示词再调用生图工具。