scanpy

标准单细胞RNA-seq分析管道。用于质控、标准化、降维(PCA/UMAP/t-SNE)、聚类、差异表达和可视化。最适合具有成熟工作流的探索性scRNA-seq分析。深度学习模型请使用scvi-tools;数据格式问题请使用anndata。